Высшим органом управления и надзора за деятельностью АНО "Центр интернет-образования" является Наблюдательный Cовет.
Наблюдательный Совет является коллегиальным органом в количестве не менее трех человек. В состав Наблюдательного Совета входят представители учредителя и работников АНО "Центр интернет-образования".
К компетенции Наблюдательного Совета относится решение следующих вопросов:
- изменение Устава;
- определение приоритетных направлений деятельности АНО "Центр интернет-образования", принципов формирования и использования её имущества;
- образование исполнительных органов АНО "Центр интернет-образования" и досрочное прекращение их полномочий;
- утверждение годового отчета и годового бухгалтерского баланса ;
- утверждение финансового плана АНО "Центр интернет-образования" и внесение в него изменений;
- создание, реорганизация и ликвидация филиалов, представительство АНО "Центр интернет-образования", утверждение положений о них;
- участие в других организациях;
- реорганизация и ликвидация АНО "Центр интернет-образования".

В период между заседаниями Наблюдательного Совета текущее руководство деятельностью АНО "Центр интернет-образования" осуществляет исполнительный орган - Директор АНО "Центр интернет-образования".

Директор - Константинов Игорь Сергеевич

Заместитель директора по учебной работе - Волков Вадим Николаевич

Главный бухгалтер - Стычук Алексей Александрович